分析平臺集成了一系列生信分析軟件，并將其無縫串聯(lián)起來，形成一套標準化的分析流程，在標準分析中您可以根據(jù)研究需要自由定義各步驟的主要參數(shù)，如參考基因組、差異分組、差異基因篩選標準等。目前百邁客私有云包含了業(yè)內(nèi)常用NGS分析流程，從原始數(shù)據(jù)開始，只需輕松幾步，即可獲得內(nèi)容豐富的標準化分析報告，是傳統(tǒng)科技服務(wù)模式的替代品。
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多樣的個性化功能，助力數(shù)據(jù)二次挖掘！
個性化分析是在標準分析結(jié)果的基礎(chǔ)上，進行更深入的二次挖掘，或者做一些更高級的分析，得到的結(jié)果可以直接用于文章發(fā)表；目前百邁客私有云包含豐富的個性化分析功能，可以覆蓋用戶大部分個性化分析需求。
個性化分析功能展示：參數(shù)設(shè)置
個性化分析功能展示：結(jié)果展示
個性化分析功能展示：圖片交互
個性化分析應用場景舉例：基因篩選
篩選特定功能的基因、篩選差異分組中的基因、篩選組間共有和特有的基因
個性化分析應用場景舉例：共表達分析
WGCNA分析、?k-means聚類
個性化分析應用場景舉例：蛋白互作網(wǎng)絡(luò)分析、轉(zhuǎn)錄因子分析
分析平臺列表
| 平臺名稱 | 類型 | 功能描述 |
| 真核有參轉(zhuǎn)錄組分析平臺 | RNA類 | 基于已知的基因組序列和注釋信息，以RNA-Seq測序數(shù)據(jù)作為輸入，通過序列比對，進行基因表達定量、可變剪切、差異分析、功能注釋與富集、轉(zhuǎn)錄本SNP分析等。 |
| 真核無參轉(zhuǎn)錄組分析平臺 | RNA類 | 以RNA-Seq測序數(shù)據(jù)作為輸入，從頭（de?novo）組裝轉(zhuǎn)錄本，構(gòu)建Unigene庫，并對Unigene進行表達定量、差異分析、功能注釋與富集、SSR鑒定、轉(zhuǎn)錄本SNP分析等。 |
| 小RNA測序分析平臺 | RNA類 | 以miRNA-Seq測序數(shù)據(jù)作為輸入，分析內(nèi)容包含：miRNA鑒定和預測、miRNA家族分析、miRNA表達定量和差異分析、樣品相關(guān)性分析、靶基因預測及功能注釋富集分析等。 |
| 長鏈非編碼RNA測序分析平臺 | RNA類 | 分析內(nèi)容包含了真核有參轉(zhuǎn)錄組分析平臺的所有分析內(nèi)容，且包含其特有分析內(nèi)容：lncRNA預測、lncRNA靶基因預測、靶基因差異分析等。 |
| 全轉(zhuǎn)錄組聯(lián)合分析平臺 | RNA類 | 以特定組織在某一時間所轉(zhuǎn)錄出的編碼RNA（mRNA）和非編碼RNA(lncRNA,?circRNA,?miRNA)整體作為研究對象，分析內(nèi)容包含：不同RNA表達量計算及全局展示、差異表達RNA全局展示、共表達分析、競爭性內(nèi)源RNA（ceRNA）分析、關(guān)鍵基因通路整合分析等。 |
| 有參全長轉(zhuǎn)錄組（ONT）分析平臺 | RNA類 | 該平臺以Oxford?Nanopore轉(zhuǎn)錄組測序數(shù)據(jù)作為輸入，基于參考基因組序列進行分析，包含：數(shù)據(jù)質(zhì)控、轉(zhuǎn)錄本結(jié)構(gòu)分析（可變剪切、APA分析、CDS預測、轉(zhuǎn)錄因子預測等）、轉(zhuǎn)錄本和基因定量、差異分析、功能注釋與富集分析、蛋白互作分析等。 |
| 蛋白質(zhì)組分析平臺 | 蛋白 | 結(jié)合高精度質(zhì)譜儀分析的結(jié)果對蛋白質(zhì)進行定量，分析內(nèi)容包含：蛋白表達定量及差異分析、功能注釋與富集分析、與mRNA進行聯(lián)合分析等。 |
| 代謝組分析平臺 | 代謝 | 基于色譜質(zhì)譜等產(chǎn)生的數(shù)據(jù)，借助于統(tǒng)計學方法研究生物體內(nèi)代謝物的變化狀況，分析內(nèi)容包含：代謝物定量及差異分析、OPLS-DA分析、與mRNA進行聯(lián)合分析等。 |
| 微生物多樣性分析平臺 | 微生物 | 可以基于16S、18S、ITS、多種功能基因（AOA、nifH、pmoA等）序列完成微生物多樣性分析，分析內(nèi)容包含：OUT聚類、物種注釋、Alpha多樣性分析、Beta多樣性分析、組間差異顯著性分析、多元統(tǒng)計分析、16S功能基因預測分析、CCA分析等。 |
| 宏基因組分析平臺 | 微生物 | 以NGS數(shù)據(jù)作為輸入,數(shù)據(jù)質(zhì)控后，基于測序reads進行宏基因組物種注釋；將測序reads組裝成contig序列；預測contig序列中的基因；對所有預測得到的基因去冗余，構(gòu)建非冗余基因集；對非冗余基因基于多種數(shù)據(jù)庫進行基因功能注釋；基于宏基因組物種注釋信息和基因功能信息進行差異分析、富集分析等統(tǒng)計比較。 |
| 全基因組重測序分析平臺 | DNA類 | 以WGS數(shù)據(jù)作為輸入，分析內(nèi)容包含：序列比對、SNP/InDel檢測、circos繪圖、功能注釋與富集、引物設(shè)計、PCA和進化樹分析等。 |
| 全基因組關(guān)聯(lián)分析平臺 | DNA類 | 以突變檢測結(jié)果vcf文件作為輸入，完成以下分析：群體結(jié)構(gòu)、親緣關(guān)系、候選基因功能注釋、顯著位點LD?block分析、突變位點引物設(shè)計等。 |
| 外顯子組測序分析平臺 | DNA類 | 可以完成全外顯子組的突變挖掘，并基于dbSNP利用vqsr模型過濾假陽性突變位點，提高真實突變檢出率，利用ANNOVAR完成1k?Genomes、dbSNP、SIFT、COSMIC70、ESP6500五大數(shù)據(jù)庫的關(guān)聯(lián)，同時完成了Polyphen2突變對蛋白功能影響評估。 |
| ChIP-Seq分析平臺 | DNA類 | 染色質(zhì)免共沉淀技術(shù)（Chromatin?Immunoprecipitation?Assay，ChIP）是一種研究蛋白質(zhì)與生物體細胞中DNA?相互作用的經(jīng)典方法，本平臺以高通量測序數(shù)據(jù)作為輸入，通過比對基因組進行Peak?calling，并且可通過對Peak區(qū)域關(guān)聯(lián)基因進行功能注釋和富集分析預測其參與的生物學通路，是研究蛋白質(zhì)和DNA相互作用的有力工具。 |
